幼馴染の藤枝保奈美、従妹の渋垣茉理と共に蓮美台（はすみだい）学園に通う主人公、久住直樹。
彼は両親を事故で喪い、叔父夫妻の渋垣家で世話になっている。
ありふれた日々が続いていたが、ある日突然、学園の屋上で昼寝をしていた直樹の上に空から女の子が落ちてきた。
その女の子、天ヶ崎美琴は翌日から直樹のクラスメートとなり、直樹と同じ天文部に所属することとなる。
学園生活を通し、やがて直樹は一人の女の子と恋人関係になる。
そして直樹は、「Operation Sanctuary」に深く関わることとなる。